Ao invés de utilizar a linguagem de interface XUL do Mozilla Firefox e Netscape Navigator, utiliza a toolkit GTK nativa do GNOME. O Epiphany apresenta recursos como navegação por abas, gerenciamento de cookies, bloqueador de pop-ups e um sistema de extensões, que possibilita acrescentar novas funcionalidades ao programa.
Entre as diferenças para os outros navegadores, o Epiphany apresenta um sistema de favoritos/marcadores baseados em categorias, ao invés das pastas nos outros programas, assim, cada favorito/marcador (como “Mozilla”) pode estar presente em várias categorias (como “Navegadores”, “Software livre” e “Internet”). Categorias especiais podem apresentar páginas visitadas com freqüência e marcadores sem classificação. Esse recurso é similar ao Places planejado inicialmente para a versão 2.0 do Firefox, agora esperado na versão 3.0, que deverá integrar os marcadores e o histórico em um banco de dados SQLite.
O Epiphany é um fork do Galeon feito por Marco Pesenti Gritti (também fundador do Galeon) com o objetivo de criar um navegador web fácil de usar e compatível com o guia de interface humana do GNOME.